ClustalX是一款适用于对核酸与蛋白序列进行多序列比对的软件，该软件具有多重分子模拟对比分析功能，可以将不同的序列组合进行微观处理研究，通过分布图的差异对比两组分析结果，可以研究出各物种的基因差异、特征、对生物进行分类等，需要的朋友快来本站下载使用吧！

ClustalX介绍

ClustalX是一款序列比对分析软件，用于多重比对不同物种的序列，以确定该序列与其它序列间的同源性大小，是生物学上用来研究分子序列的应用程序,在对核酸与蛋白序列进行多序列比对时就要用到它。

软件利用生物的DNA或蛋白质进行比较，有效的确定该生物的属性，可以将不同生物的序列进行比较，非常方便，需要的朋友不妨下载试试

软件功能

CLUSTALX-是CLUSTAL 多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的所有选项。

你可以剪切、粘贴序列以更改比对的顺序;你可以选择序列子集进行比对;你可以选择比对的子排列(Sub-range)进行重新比对并可插入到原始比对中;可执行比对质量分析，低分值片段或异常残基将以高亮显示。

使用说明

启动软件后首先输入要比对的序列文件，然后再设定比对的参数，然后开始比对。当比对完成后，可选择保存比对结果的文件类型。

举例说明

A、B、C三条序列比对.

其实就是

A和B比

A和C比

B和C比

同理n条多序列比对就是做nC2次两序列比对,因此多序列比对的本质就是多次两条序列比对,也就是某条序列和其余的各个序列都进行一次比对.那么参数的设置当然就是设置两条序列比对时的规则就可以了.

Clustalx的多序列比对算法是基于双序列比对的,它先将所有序列两两比对,然后根据两两比对结果构建指导树,再根据指导树依次添加相似度最高的序列,直至全部序列都被加入.所以对双序列比对参数的设置是Clustalx进行多序列比对所必需的~

问题解答

1，从网上看来说CLUSTALX软件使用的时候，开始要输入FASTA格式准备的DNA序列test.seq文件。请问这种文件怎么生成啊?记事本?

其实没有规定的文件名，不一定是叫test.seq，任何你想要的都可以，除了中文名(下面会说明)。主要里面的内容是正确的格式就行了~。Clustal支持的格式有多种，如NBRF/PIR, EMBL/SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG/MSF (Pileup), GCG9/RSF and GDE等

2，什么使用ClustalX时，总是导入不了序列，出现 ERROR:Can not open output file??

这个问题挺多人碰到过的~这是因为你导入的文件的路径包含有中文名。把文件放在其它地方看看。最好路径也不要有空格了。当然前提是你的格式要正确了。这个问题同样适用于ClustalW或其它dos类的软件

3，ClustalX比对后的结果中.aln文件是什么?

这个是序列比对结果的文件。关于这部分，你可以看如何把clusterX的结果转为漂亮的图片

4，ClustalX比对后的结果中.dnd文件是什么?

这个文件是系统进化树文件，需要装TreeView软件才能看(用Dnaman也可以的)，进化树显示工具TreeView的下载　　pzpitafvjndm